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豬場病毒核酸提取常見問題解答

2022-03-31 3190人閱讀 來源:
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樣本前處理相關(guān)問題


1 ? 對(duì)于環(huán)境樣品含有太多雜質(zhì)(泥沙、唾液樣品里面含有飼料雜質(zhì))會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生多大影響?是否可以在裂解之前對(duì)樣品進(jìn)行離心一次?這種離心操作會(huì)對(duì)檢測結(jié)果產(chǎn)生影響嗎?

對(duì)于雜質(zhì)較多的樣本,建議在提取前進(jìn)行離心,取上清液進(jìn)行提取,盡量不要取到其他雜質(zhì)。如果含有過多雜質(zhì),對(duì)于磁珠法試劑盒,有可能會(huì)對(duì)核酸的純度有影響,比如洗脫液有顏色的情況;對(duì)于柱式法試劑盒,有可能會(huì)出現(xiàn)純化柱被堵塞的情況。
樣品前處理環(huán)節(jié)進(jìn)行離心,不會(huì)對(duì)檢測結(jié)果產(chǎn)生影響。


2 ? 針對(duì)很臟的環(huán)境拭子樣品、精液樣品和痰液樣品有好的解決方案嗎

樣本前處理要按說明書規(guī)范進(jìn)行,對(duì)于很臟的的環(huán)境拭子和精液樣本,建議先離心,取上清液或精清樣本進(jìn)行提取;痰液樣本,可直接取樣進(jìn)行提取,若太粘稠,建議用生理鹽水或?qū)S脴颖鞠♂屢哼M(jìn)行稀釋后,再進(jìn)行提??;
提取試劑盒的選擇:建議選擇裂解效果好、提取效率高的病毒核酸提取試劑盒。


3 ? 純化柱法提取核酸時(shí),尤其是提取血液時(shí),純化柱可能會(huì)被紅細(xì)胞堵塞,能否把原血液樣品離心一次,用血漿來檢測核酸嗎?

有數(shù)據(jù)顯示,同一份血液樣本,從全血樣本提取的Ct值要比從血清提取的Ct值要小。所以還是更推薦從全血樣本中進(jìn)行提取、檢測。
對(duì)提取血液樣本會(huì)出現(xiàn)純化柱堵塞的現(xiàn)象,如果沒有取到血凝塊的話,初步分析是所用試劑盒對(duì)血液的裂解效果偏弱的原因。建議可以換一款裂解效果更好的試劑盒進(jìn)行提取,比較推薦明日達(dá)的病毒DNA提取試劑盒(V型)。這款試劑盒的裂解液和結(jié)合液均具有裂解作用,加之蛋白酶對(duì)蛋白的消化裂解的作用,可以很好地勝任各種血液樣本的提取,甚至是有凝血現(xiàn)象的全血。


4 ? 不同的樣品,是否需要采用不同的核酸提取方法?如環(huán)境樣品,血拭子等。

不同類型的樣本按照各自的前處理方式完成樣本前處理之后,可以采用同樣的核酸提取方法進(jìn)行提取。因?yàn)?,一款合格的病毒核酸提取試劑盒?yīng)該滿足各種不同樣本類型的提取。

5 ? 油性疫苗如果要檢測非洲豬瘟病毒,有沒有好的前處理方法?

對(duì)于疫苗樣本,可以用生理鹽水進(jìn)行稀釋,也可以用專門的裂解液進(jìn)行稀釋處理,然后再進(jìn)行提取。
我們曾做過測試,用明日達(dá)的預(yù)分裝提取試劑盒對(duì)油性疫苗直接進(jìn)行提取,提取效果也是沒有問題的。


6 ? 樣本前處理時(shí)的離心對(duì)轉(zhuǎn)速和時(shí)間有沒有要求?

建議嚴(yán)格按照說明書進(jìn)行前處理。離心轉(zhuǎn)速和時(shí)間如果偏低,有些雜質(zhì)和殘?jiān)赡茈x心不徹底,對(duì)于磁珠法有可能會(huì)影響純度,對(duì)于柱式法可能會(huì)造成柱膜堵塞。如果是轉(zhuǎn)速較低的掌上離心機(jī),可延長離心時(shí)間。


7 ? 血清和環(huán)境離心多少轉(zhuǎn)速好,轉(zhuǎn)速高會(huì)不會(huì)對(duì)樣品蛋白質(zhì)有影響。

離心轉(zhuǎn)速建議按照說明書進(jìn)行,一般為8000-12000g離心5min。轉(zhuǎn)速過高一般不會(huì)對(duì)蛋白和病毒核酸有影響。


8 ? 樣品單檢與混檢有多大的區(qū)別

混檢在日常病毒篩查檢測中發(fā)揮著重要的作用。從技術(shù)可行性角度進(jìn)行分析,通過對(duì)混樣檢測靈敏度的計(jì)算,采用5混1、10混1進(jìn)行混檢是切實(shí)可行的。新冠病毒的篩查檢測也是采用5混1、10混1或者20混1的方式進(jìn)行。
但采用混檢時(shí),需要注意以下幾點(diǎn):
(1)需提前預(yù)估待檢測豬場的陽性率,根據(jù)不同的陽性率來選擇不同數(shù)量的混檢形式,以減少復(fù)檢的次數(shù);
(2)要保證所用核酸提取試劑的提取效率以及PCR檢測試劑盒的檢測靈敏度,以免造成假陰性;
(3)對(duì)混檢可能造成的漏檢風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行評(píng)估,并制定相應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)管控措施。

9 ? 為什么會(huì)出現(xiàn)混合樣品陽性,單測出現(xiàn)陰性?

原因分析:1、混合樣品為弱陽,可能在復(fù)檢的過程中,樣品出現(xiàn)降解,分開單個(gè)樣品測試出現(xiàn)陰性;2、混合樣品檢測時(shí),出現(xiàn)操作污染導(dǎo)致出現(xiàn)陽性。




試劑提取效率相關(guān)問題


10 ? 磁珠法在特殊樣本提取純度較差,是不是可以理解特殊樣本采用柱膜法更具優(yōu)勢呢?

這里提到的磁珠法提取特殊樣本差,是從技術(shù)研發(fā)的角度出發(fā),磁珠法提取在保證樣本純度方面相較于柱式法會(huì)面臨更大的技術(shù)難題,如果磁珠選擇不好或者磁珠與提取體系的搭配不好,就會(huì)出現(xiàn)各種問題,比如洗脫液粘稠、有顏色等。但是難度大不代表不可實(shí)現(xiàn)。通過數(shù)據(jù)對(duì)比展示明日達(dá)和T公司的磁珠法試劑盒,都在樣本純度和提取效率方面達(dá)到了比較高的標(biāo)準(zhǔn)。


11 ? 柱式法病毒核酸提取可以做到不加蛋白酶K,那為什么還存在有蛋白酶K的版本?

我們的測試結(jié)果顯示,對(duì)于普通的正常狀態(tài)的樣本,無蛋白酶K的試劑盒和有蛋白酶K的試劑盒提取效率是一致的。
但為了應(yīng)對(duì)一些狀態(tài)特別差的樣本,比如凝血嚴(yán)重的血液、特別粘稠的樣本,有蛋白酶K的試劑盒通過裂解液、結(jié)合液的雙重裂解+蛋白酶K的消化,使其對(duì)于狀態(tài)差樣本仍然可以保證較高的提取效率。


12 ? 您剛才展示了不同廠家產(chǎn)品提取效率比對(duì)數(shù)據(jù),用的是你們自己的PCR擴(kuò)增試劑做的結(jié)果么?對(duì)其他廠家的PCR試劑盒在搭配上是否有開放性?

對(duì)于提取試劑盒,除了搭配明日達(dá)PCR試劑盒,也搭配過另外三款有批準(zhǔn)文號(hào)的PCR試劑盒,提取效率都是沒有問題的。
至于我們公司的PCR試劑盒,很多實(shí)驗(yàn)室都是在用其他家的核酸提取試劑盒,匹配性也是沒有問題的。也就是說,明日達(dá)的提取試劑盒和PCR試劑盒都是開放性的。


13 ? 柱式提取和磁珠法提取相比核酸回收率怎么樣?

各個(gè)生物試劑公司都有磁珠法試劑盒和柱式法試劑盒,但對(duì)各種樣本類型的提取性能還是存在差異的。但不能因?yàn)槟承﹤€(gè)別情況(比如,A公司的磁珠法試劑盒比B公司的柱式法試劑盒提取效率低)就斷定柱式法和磁珠法的核酸回收率,哪種方法更好一些。其實(shí),從方法學(xué)上來看,柱式法和磁珠法都是比較成熟的方法。所以,比較優(yōu)秀的柱式法試劑盒和磁珠法試劑盒的核酸回收率都會(huì)是比較高的。


14 ? 不用裂解液的試劑會(huì)出現(xiàn)什么情況。

不用裂解液,直接從結(jié)合開始進(jìn)行提取,提取效果肯定是不好的。
有的核酸提取試劑盒中沒有裂解液這一個(gè)組分。其實(shí)這種試劑盒是需要搭配他們公司的病毒保存液進(jìn)行使用的,這里的病毒保存液既有保存病毒的作用,又有裂解病毒的作用,所以用這種核酸提取試劑盒一定要搭配與其相匹配的病毒保存液。




PCR擴(kuò)增相關(guān)問題


15 ? 樣品提取結(jié)束后,向離心管中轉(zhuǎn)移提取后樣品,樣品中含有少量磁珠,對(duì)后續(xù)的檢測是否有影響。

如果將磁珠加入到PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系中,肯定會(huì)對(duì)PCR的檢測產(chǎn)生影響,通常會(huì)出現(xiàn)擴(kuò)增曲線異常,導(dǎo)致檢測失敗。
建議將核酸洗脫液進(jìn)行瞬離,取上清進(jìn)行PCR檢測,切勿取到磁珠。


16 ? PCR樣本初始背景熒光值就很高,樣本也要離心很久,這該怎么解決呢?

背景熒光值高的原因:⑴、樣本的本身含有熒光物質(zhì):樣本的成分不同,血液,組織,環(huán)境,尤其是環(huán)境樣本,成分更為復(fù)雜,且不同樣本中不同成分的占比也不同,自然界幾乎所有的物質(zhì)都是可以“發(fā)光”的,只是發(fā)光的強(qiáng)弱不同,所以部分樣本的某些組分或雜質(zhì)有比較強(qiáng)的熒光物質(zhì),所以導(dǎo)致背景熒光值高;⑵、樣本中含有能夠被PCR儀激發(fā)后發(fā)光的物質(zhì):熒光PCR儀的檢測原理是靠激發(fā)光激發(fā)檢測試劑盒里的熒光探針發(fā)光從而測試靶標(biāo)濃度的,基礎(chǔ)熒光值高可能跟樣本中含有某種物質(zhì),這種物質(zhì)受到機(jī)器的激發(fā)波后,就會(huì)發(fā)出熒光,導(dǎo)致初始的背景熒光值升高。
那么知道背景熒光值高的原因后,我們可以對(duì)癥治療:⑴、選擇高質(zhì)量的核酸提取試劑產(chǎn)品:核酸提取能夠去除絕大部分雜質(zhì),同時(shí)能夠濃縮DNA,所以經(jīng)過核酸提取后再進(jìn)行檢測是能夠有效降低基質(zhì)干擾的;⑵、核酸提取后仍然有熒光物質(zhì),最好就是進(jìn)行小倍數(shù)的稀釋,比如3倍或5倍稀釋,這樣就可以盡量不影響靈敏度的情況下,降低雜質(zhì)或基質(zhì)的干擾。

17 ? PCR擴(kuò)增時(shí),原始曲線正常,但是擴(kuò)增曲線會(huì)顯示異常,這是什么情況?

原始曲線正常,而擴(kuò)增曲線異常,初步判斷,可能是PCR儀器計(jì)算方式不同導(dǎo)致的,需要具體看PCR曲線再進(jìn)行具體分析。

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